物化處理、化學處理、生化處理以及多種方法的組合處理等被廣泛應(yīng)用在制藥廢水的處理過程中，每種處理方法都具有各自的優(yōu)勢及不足?；炷?、氣浮、吸附、氨吹脫、電解、離子交換和膜分離法等被稱為物化處理方法；鐵炭法、化學氧化還原法（Fenton試劑、H2O2、O3）、深度氧化技術(shù)等方法被稱為化學處理方法；好氧生物法、厭氧生物法、好氧－厭氧組合方法是生化處理方法。

吸附處理法中主要吸附劑有樹脂類、腐殖酸、礦山尾料等。制藥廠家使用某吸附材料與生化工藝聯(lián)合處理，并獲得較好效果的案例屢見不鮮。

反滲透方法、納濾或纖維膜法都可以歸納為膜分離法。這種方法可以有效控制有機物的排放指標同時對有機物質(zhì)進行回收利用，不但對總量進行控制，還可以根據(jù)處理對象的大致成分，進行單一物質(zhì)的去除，收效明顯。設(shè)備操作不復雜、簡便易掌握，不易發(fā)生化學變化，相比之下，對目標對象的處理能力強、能源消耗小。

若選擇脫色效果好、便于操作的處理方法應(yīng)該先選電解法。現(xiàn)階段已有許多此類方法的研究成果，其脫色和降低廢水指標的能力較高。對于高濃度制藥廢水需要預處理的情況，可以選用鐵碳法，預處理可以逐漸增加出水的可生化性。當需要去除廢水中難降解少量有機物時，建議選用芬頓法，這種方法可以對許多生化法無法去除的難降解物質(zhì)進行有效控制。Fenton法的應(yīng)用也漸漸擴展了催化劑的范圍，由此處理效果也逐漸增強。氧化法成功的運用了聲、光、電、磁等學科知識，創(chuàng)造性地拓展了此項技術(shù)，如光催化、超臨界水氧化、超聲處理法、電化學法等。

發(fā)展前景和處理效果具有優(yōu)勢的技術(shù)是紫外光催化氧化技術(shù)。這種方法對不飽和烴具有較好的處理效果、對處理條件和廢水水質(zhì)適應(yīng)性好。而超聲波方法對有機物的針對性處理有優(yōu)勢，對設(shè)備的要求不高。因此，那些新型、潔凈、選擇性強的處理方法越來被研究者重視和深入探索。對于高濃度、難處理的制藥廢水來說，直接生化處理效果差、消耗大，建議使用生物法進行預處理后，聯(lián)合其它處理方法為佳。常用的好氧生物處理方法包括活性污泥法、深井曝氣法、吸附生物降解法(AB法)、接觸氧化法、序批式間歇活性污泥法(SBR法)、循環(huán)式活性污泥法（CASS法）等。

對于高濃度制藥廢水而言單獨使用厭氧法處理，不能從整體上控制水質(zhì)，與好氧生物結(jié)合，根據(jù)實際情況增減聯(lián)合環(huán)節(jié)可強化處理效果。對厭氧法的靈活應(yīng)用技術(shù)也不斷出現(xiàn)，如厭氧反應(yīng)器的升級與應(yīng)用。應(yīng)用過程中比較有效的方法有厭氧復合污泥床技術(shù)、厭氧折流板反應(yīng)技術(shù)等。在實際應(yīng)用中，多使用聯(lián)合工藝如厭氧—好氧—厭氧技術(shù)，水解酸化—好氧—芬頓法等，根據(jù)不同需要和廢水實際，對各工藝環(huán)節(jié)進行有效處理，提高廢水的可生化性、處理效果，體現(xiàn)了低成本、穩(wěn)定性高等優(yōu)勢。